Le château du Prieuré appartient à la ville « haute » de Conflans, avec son église Saint-Maclou et la tour Montjoie, donjon du XIe s.

Il se situe à l’emplacement d’un ancien prieuré de sainte Honorine (d’où son nom) fondé en 1080 par Ives III de Beaumont, dit “le clerc”. Seul le cellier du XIII ème siècle subsiste.

Le prieuré connaît une grande prospérité, les reliques de sainte Honorine faisant l’objet d’un pèlerinage très fréquenté (d’où le nom de la ville). Il est vendu comme bien national à la Révolution. Jules Gévelot, riche industriel, créateur de la célèbre marque de cartouches de chasse qui porte son nom, député de l’Oise et maire de Conflans-Sainte-Honorine, rachète les divers lots et reconstitue le domaine des religieux ; puis à partir de 1865, il réaménage les bâtiments et le parc comme résidence personnelle dans le style Napoléon III, tels qu’on les voit aujourd’hui.
La propriété est achetée par la commune en 1932.

Le château lui-même prend place sur l’arête du coteau qui domine la Seine et le port batelier, face au sud et à la forêt domaniale de Saint-Germain-en-Laye (on notera que la Ville est propriétaire d’une partie de l’ancienne île située sur la rive gauche du fleuve, face au musée). La rive de la Seine est occupée par des péniches désormais immobiles, appartenant à des mariniers retraités : c’est le port Saint-Nicolas. S’y trouve également la halte-patrimoine où sont présentés les bateaux de l’Association des Amis du Musée de la Batellerie : l’« A.A.M.B., le « Jacques » et le « Triton 25 ».

Deux terrasses publiques aménagées en terrasse-belvédère forment transition entre ce rivage et le prieuré. Le panorama sur la vallée de la Seine y est particulièrement agréable. De même le musée domine l’ensemble du site urbain de Conflans. Ses bâtiments sont situés en lisière d’un vaste parc public, et à proximité de l’église Saint-Maclou.

L’étroitesse des salles ne permet pas pour l’instant de déployer les collections de manière optimale. À noter qu’une partie du château est aujourd’hui occupée par certains services municipaux autres que le musée.